顺治十七年宁古塔将军海率军破敌于古法坛村，斩首六十余级，溺死者甚众。

经过军民多次打击，侵黑龙江域的俄国侵略军一度被肃清。顺治末年至康熙初年，沙俄利用朝廷忙于平定三藩之，侵占了中国领土尼布楚（今俄罗斯涅尔琴斯克）和雅克萨等地，并在那里构筑寨堡，设置工事。还以此为据，不断对黑龙江中下游地区行扰和掠夺。朝廷虽多次警告，都无济于事。

针对这情况，康熙采取恩威并用、剿抚兼施的方略，即发兵扼其来往之路，屯兵永戍黑龙江，建立城寨，与之对垒，而取其田禾，使之自困。同时再辅以严正警告。

当初噶尔丹大败喀尔喀之后，沙俄就趁火打劫，要是大清和准噶尔死磕到底，得利的只会是俄国。

可谓是康熙的心腹大患。

在策妄阿拉布坦统治之下，准噶尔又逐渐大起来，经济较噶尔丹和图尔珲台吉时期有所发展，他也表现极的扩张望。要求大清把以前属于准噶尔的土地归还给他，“他向朝廷宣布……从伊犁河东起到克穆河与克穆奇河之间的一些地方历来属于准噶尔人，所以现在应当归还他们”

在同沙俄的长期涉中，康熙意识到，若非“创以兵威，则罔知惩畏”，于是决意征剿。同时也认识到，“昔发兵讨，未获翦除”的原因，一是黑龙江一带没有驻兵，从宁古塔兵反击，每次都因粮储不足而停止。二是沙俄侵略军虽为数不多，但由于“筑室散，耕自给”，加上尼布楚人与之贸易，故使其得以生存。于是造成“我彼退、我退彼，用兵不已，边民不安”的局面。

但噶尔丹死后，准噶尔汗国与大清相比，无论是军事力量还是经济实力都于劣势，皇阿玛若真一心要剿灭他们，也不是没有这个实力，但这样只会给别人可趁之机。

顺治六年，沙俄雅库次克长官派哈罗夫率兵七十名从雅库次克发，于这年末侵黑龙江，占中国达斡尔人拉夫凯的辖区，其中包括达斡尔人阿尔亚的驻地雅克萨城寨，遭到当地人民的抵抗。哈罗夫将同伙由斯捷潘诺夫率领，自己回雅库茨克求援。次年夏末，哈罗夫率领一百三十八名亡命之徒，携三门火炮和一些枪支弹药，再次侵黑龙江，占雅克萨城，不断派人四袭击达斡尔居民，捕捉人质，掳掠妇女，杀人放火。九月底，哈罗夫又率领侵略军两百余人，侵黑龙江下游乌扎拉河中国赫哲人聚居的乌扎拉村，　占城寨，蹂躏当地居民。英勇的赫哲人民奋起抗击，并请求朝廷予以支援。

力求控制贸易通和贸易中心，于康熙三十九年兵喀什噶尔，不断扩张自势力。

明崇祯十六年夏，沙俄雅库茨克长官戈洛文派波雅科夫率兵一百三十二人沿勒拿河下行南侵，于这年冬天越过外兴安岭，侵中国领土。十一月，这些侵略者到达奇哩江（今结雅河）中游达斡尔人多普乌尔的辖地后，四抢掠，灭绝人地杀达斡尔族人，被黑龙江地区人民称为“吃人恶”。次年夏初，奇哩江解冻后，这伙匪徒闯中国东北最大的内河黑龙江，沿途遭到中国各族人民的抗击。后由于后金在明末在关外与明帝国战，无瑕顾及黑龙江域沙俄的觊觎，导致爆发雅克萨之战。

还是明朝统治时期，俄国就不断南下侵略。明崇祯五年，沙俄扩张至西伯利亚东的勒拿河域后，建立雅库茨克城，作为南下侵略中国的主要基地。从此，它便不断地派遣武装人员侵中国黑龙江域，烧杀抢劫，四蚕。

顺治九年二月，朝廷委派宁古塔章京海包率所击，战于乌扎拉村，打死沙俄侵略者十人，打伤七十八人。清顺治十五年六月，宁古塔都统沙尔瑚达率战舰四十艘同侵略军激战于松江下游，歼敌二百七十人。

黑龙江域自古以来是中国的领土，满族的祖先肃慎族就生活在这里。从唐到明的历代朝廷，都在这里设置行政机构，行使辖权。大清立国之后，继续对这一地区行使辖权，加统治。除设盛京将军（驻今辽宁沈）、宁古塔将军（驻今黑龙江宁安）和黑龙江将军（驻今黑龙江瑷珲）外，还把当地居民编为八旗。与此同时，还加了吉林、黑龙江将军所辖的各镇，在沿江重要地区建立船厂，设置仓屯，陆上开辟台站驿，发展陆通运输，一步加了边境地区与内地的政治、经济和文化联系。

目睹了噶尔丹败亡的悲惨结局，因而在他登上准噶　尔统治宝座后，在同大清的往中表现得比噶尔丹更有谋略，更灵活多变。

年九月，策妄阿拉布坦遣使清朝，将噶尔丹骨灰献给康熙，向大清臣服。次年，策妄阿拉布坦正式登上了首领的宝座。